光绪是一个国学造诣精深、而又能够与时俱进的开明皇帝。他对中西教育的本质区别有足够清醒的认识：“西人皆日为有用之学，我民独日为无用之学。”甲午战败后，又接连发生德、俄先后强占我国胶州、旅大等事件，光绪“怒甚”，更加意识到，原来终日攻读的历代经典“皆无用之物，命左右焚之……遂决变政。”⒅因此，当御史王鹏运于1898年2月15日奏请开办京师大学堂时，光绪帝立即谕令总理衙门：“京师大学堂，迭经臣工奏请，准其建立，现在亟须开办。其详细章程，着军机大臣会同总理衙门王大臣妥议具奏。”可是，刚毅、荣禄等把持的总署，却以“事属创造，筹划匪易”为借口，久拖不办。

1898年6月11日，经慈禧太后批准，拥有“事权”光绪皇帝毅然颁布《明定国是诏》，决定进行维新变法，以求自强：

嗣后中外大小诸臣，自王公以及士庶，各宜努力向上，发愤为雄，以圣贤义理之学植其根本，又须博采西学之切于时务者，实力讲求，以救空疏迂谬之弊。专心致志，精益求精，毋徒袭其皮毛，毋竞腾其口说，总期化无用为有用，以成通经济变之才。

京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办。军机大臣、 总理各国事务王大臣会同妥速议奏。所有翰林院编检，各部院司员，大门侍卫，候补候选道、府、州、县以下官，大员子弟，八旗世职，各省武职后裔，其愿入学堂者，均准入学肄业，以期人材辈出，共济时艰。不得敷衍因循，循私援引，致负朝廷谆谆告诫之至意。

在《明定国是诏》中，光绪皇帝明确提出创建京师大学堂，并用了超过三分之一的篇幅，详加论述，具体部署。实际上是把建立一所新型、综合性大学摆在了“天字第一号”工程的高度，意义不同凡响。

但是，总署仍旧是磨磨叽叽，不肯买账。

6月26日，光绪帝十分生气，下了一道杀气腾腾的谕旨：“前因京师大学堂为各省之倡，特降谕旨，令军机大臣、总理各国事务王大臣回同议奏，即着迅速复奏，毋再迟延。……倘有仍前玩愒，并不依限复奏，定即从严惩处不贷。”接到“最后通牒”，军机大臣和总理各国事务大臣们才感到问题的严重性，无不“跪诵之下，悚惧莫名”。于是，他们马上放下架子，请梁启超起草《京师大学堂章程》。梁启超略取日本学规，参以本国情形，拟订了8章52节。

6月30日，御史李盛铎（1859—1934，江西德化人）上了一道《奏京师大学堂办法折》，就择立基址、酌定功课、筹集的款（即确实可靠的款项）等提出具体建议。他还特意提请委派孙家鼐担任“专办大臣”。

7月3日，光绪帝决定：“派孙家鼐管理大学堂事务，办事各员由该大臣慎选奏派，至总教习、综司功课，尤须选择学赅中外人士，奏请选派。……所需兴办经费及常年用款，着户部分别筹拨；原设官书局及新设之译书局均着并入大学堂，著管学大臣督率办理。”“举人梁启超著赏六品衔，办理译书局事务。”随后，军机处将“会奏筹办京师大学堂并开办详细章程折、单一件，又奏复御史杨深秀等奏请设局译书片，拟请俟发下后，再降谕旨。谨将原折、片、单恭呈慈览。”得到慈禧的首肯。

好事多磨，京师大学堂吵嚷多年，终于揭开盖头，进入到正式筹建阶段。

据统计，在103天的变法时段内，光绪皇帝“令如流水”“书朝上而电夕下”，连续颁布230多道除旧布新的上谕。但是，他对创建京师大学堂却是格外重视，直接涉及京师大学堂的上谕竟有15道之多。比如，7月4日，他命令庆亲王奕劻、礼部尚书许应骙负责大学堂工程建设，并要求迅速办理。7月10日，他发布上谕：“前经降旨开办京师大学堂，入堂肄业者，由中学小学以次而升，必有成效可睹。惟各省中学小学尚未一律开办……着各该督抚督饬地方官，各将所属书院坐落处所，经费数目，限两个月详查具奏，即将各省府厅州县现有之大小书院，一律改为兼学中学西学之学校，……皆颁给《京师大学堂章程》，令具仿照办理。”7月20日，他批准将景山脚下、地安门内的和嘉公主府作为大学堂校址；8月9日，孙家鼐在《奏覆筹办大学堂情形折》中，提出八条建议，并请求派丁韪良为西学总教习、赏二品顶戴，光绪当即恩准；9月9日，孙家鼐在《奏请另设医学堂折》中，建议另设医学堂，考求中西医学，由大学堂管辖。也得到了皇上的批准……可以说，创建京师大学堂的每一个环节，都凝聚了光绪皇帝的心血；而京师大学堂每向前迈进一步，都紧紧吸引着朝野和社会舆论的目光。10月3日，《北华捷报》在一篇报道中披露：

《京报》几乎每天都登载孙家鼐有关京师大学堂的奏折。这所大学似乎成了文人圈子中最经常和最热门的话题。翰林院有多名学者被聘为大学堂教授汉学经典的教习，而作为校长的传教士和神学博士丁韪良正在仔细挑选西教习。语言系可望在十月中旬开课，医学系约在一个月之后也可以上课。一座由政府管辖的医院将成为医学系的附属医院，以便供学生实习。大学堂各系的所有学生一旦毕业，都将都将被政府授予文凭、官衔，以及政府部门中的职务。⒃

众所周知，变法是一个系统工程，不可能毕其功于一役。作为系统工程，戊戌变法应该有自己的初级目标、中级目标、高级目标。在戊戌变法期间，创建京师大学堂就被朝廷“视此为新政第一大举动”⒄。而《明定国是诏》“把创办京师大学堂作为一个国家行为，提到启动新政之首要举措的高度，并以此推动全国教育及其他方面变革与现代化的进程。”⒅假使把“兴民权，设议院，立宪法”看作戊戌变法的高级目标，那么，把创建京师大学堂视为初级目标，应该不是溢美之辞。